СиОС имеет 3 ветви управления по аналогии с тремя ветвями государственного управления на всех уровнях организации СиОС:
1. Совет СиОС – создается как законодательная структура (ЗС) СиОС. ЗС разрабатывает программы развития СиОС, в т. ч. программы по конкретным запросам населения, коллективов и формирует гражданские университеты. ЗС выбирается из наиболее прогрессивных деятелей науки, культуры, образования, здравоохранения и др. ЗС работает на самофинансировании (как и др. подразделения СиОС).
2. Секритариат – создается как исполнительная структура для организационно- внедренческой работы. Секретариат выбирается из прогрессивных представителей населения (данной территории), экспертов и представителей различных сфер деятельности и работает на самофинансировании. 
3. Координационный Совет Коллективов (КС), созданных в СиОС – создается как координирующий орган общего собрания СиОС (в районе, городе, области, стране, при ООН) по наставничеству и подготовке кадров посредством группового сотворчества. 
Для оперативного руководства и согласования действий (стратегии и тактики) трех ветвей госуправления и СиОС создается согласовательно-экпертная комиссия (СЭК).
4. Общее собрание представителей прогрессивных сил, партий, предприятий, организаций и т.д.
5. Предприятия, организации, учреждения, центры местного самоуправления, территориальные подразделения СиОС и т.д.
Таким образом, СиОС становится многоуровневой системой согласования интересов государства и его граждан, отраслей, регионов его населения.

Применение Универсологии раскрывает новые возможности интеграционных процессов, создавая возможности сотрудничества, кооперации, международного содружества. Универсология обеспечивает повышение эффективности функционирования и прогнозируемости развития социально-экономических систем, сокращение расходов и издержек общества, согласование всех уровней жизни людей с целью минимизации конфликтов, кризисов, стрессов, а также преодоления односторонности развития человека (а, значит, страданий и заболеваний), формировать условия для поэтапного вызревания нового гражданского общества, для чего выделяется 5 направлений деятельности:
1-е направление – создание системы общественного самоуправления на основе цели и задач построения гражданского общества.
2-е направление – создание социально-экономической инфраструктуры общества на основе целевых приоритетов эволюции человечества.
3-е направление – интеграция усилий ученых и творческих работников.
4-е направление – создание системы интегрального, целеориентированного, непрерывного, вариативного развивающего образования.
5-направление – работа по формированию здорового образа жизни человека, созданию научной школы комплексного и системного оздоровления научной школы комплексного и системного оздоровления и профилактики на основе принципа развития человека как части единого планетного организма. И на этом основании воплощение провозглашенного Адамом Смитом принципа согласования поведения человека и общества с окружающим миром.
Следовательно, связь трех ветвей СиОС с ветвями власти (в т. ч. посредством СЭК): 1) законодательной – рай-, гор-, облсоветами и парламентами стран; 2) исполнительной – рай-, гор-, обладминистрациями, правительствами и президентом; 3) судебной, обеспечит многоуровневую согласованность интересов населения и государственного управления для устранения причин кризисов и конфликтов в обществе и в мире.
Общественное самоуправление способно явится высшей ступенью консолидации и кооперации усилий человечества в построении новой общественно-экономической формации прекрасного будущего.

Виталий Андреевич Поляков. Универсология.- М.:Амрита-Русь,2004.-320 с.